Задание 47146 ЕГЭ по русскому языку

Укажите цифру(-ы), на месте которой(-ых) должна(-ы) стоять запятая(-ые).

Вода уже так сбыла (1) что в обыкновенных местах доставала не выше колена (2) но зато во всех ямах и канавках (3) которые в летнее время высыхали (4) и которые окружали кухню (5) глубина была ещё значительна.