Задание 33920 ЕГЭ по русскому языку

Укажите цифру(-ы), на месте которой(-ых) должна(-ы) стоять запятая(-ые). 

Николай гордился тем (1) что она так умна и хороша (2) и (3) хотя сознавал своё ничтожество перед нею в мире духовном (4) но он радовался тому (5) что она составляла часть его самого.

(По Л. Н. Толстому)